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#SBATCH -A b2012036
#SBATCH -p node -n 8
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#SBATCH --mail-user=setia.pramana@ki.se
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#SBATCH -J TCB7sc

module load bioinfo-tools

module load tophat/1.4.0 

module load cufflinks/2.0.2

tophat -o /scratch/tophat.outputsc.$1 \
 -p 8 --library-type=fr-unstranded \
 -G reference/genes.gtf reference/BowtieIndex/genome \
 INBOX/BRCA/batch7/$1_1.fastq.gz \
 INBOX/BRCA/batch7/$1_2.fastq.gz


cp -r /scratch/tophat.outputsc.$1 INBOX/BRCA/batch7/


cufflinks -o /scratch/CuffresGsc.$1 \
 -p 8 -G reference/genes.gtf \
 -b reference/BowtieIndex/genome.fa \
 INBOX/BRCA/batch7/tophat.outputsc.$1/accepted_hits.bam



cp -r /scratch/CuffresGsc.$1 INBOX/BRCA/batch7/