#!/bin/bash -l
#SBATCH -A b2012036
#SBATCH -p node -n 8
#SBATCH -t 5:00:00
#SBATCH -C mem72GB
#SBATCH --mail-user=setia.pramana@ki.se
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -J CountB7


module load bioinfo-tools
module load GATK
module load samtools/0.1.18

R < runGetcountsBatch7.R --no-save $1